Durch die Zusammenlegung zentraler Dienste und durch eine gemeinsame Vertretung nach außen erzielt der Kirchenverband Köln und Region Synergie-Effekte, um so die Verbandsgemeinden und Kirchenkreise durch fachliches Know-how wie auch finanziell zu entlasten. Diese Aufgaben werden von der Verwaltung sowie den Ämtern und Einrichtungen des Verbands wahrgenommen. Seinen Sitz hat der Kirchenverband auf dem Areal der historischen Kartause, mitten im Herzen der Kölner Südstadt.
Synode und höchste Leitungsversammlung ist die Verbandsvertretung, in die Kirchenkreise und Kirchengemeinden ihre Delegierten entsenden. Die Verbandsvertretung beschließt unter anderem den Haushalt (und damit die Verteilung der Kirchensteuereinnahmen auf die angeschlossenen Gemeinden), den Stellenplan und alle weiteren grundlegenden Entwicklungen. Außerdem wählt sie die Stadtsuperintendentin bzw. den Stadtsuperintendenten.
Das Brühler Presbyterium hat in seiner konstituierenden Sitzung im April 2024 die folgenden Abgeordneten zur Verbandsvertretung bestimmt:
Abgeordnete
Stellvertretung
Die Stellvertreter rücken automatisch nach, sollte eine oder einer der Abgeordneten verhindert sein.